一、办公室

负责文秘和综合协调工作，负责制度建设和督查工作；负责人事工作；负责档案管理工作；负责财务、资产管理工作；负责后勤保障工作；负责会务、接待和外事工作；完成馆领导交办的其他工作任务。

二、陈列展览交流部

负责展览计划拟定、策展、落实工作；负责布、撤展的具体实施；负责展陈物品的制作、保管工作；负责展陈档案管理工作；负责编撰出版与展览相关的图书资料；完成馆领导交办的其他工作任务。

三、宣教部

负责全馆展区管理和对外接待服务工作；负责展览的导览与讲解工作；负责大型活动和展览相关活动的策划和实施；负责组织与展览内容相关的专题讲座；负责“博物馆之友” 及志愿者管理工作，组织相关活动和服务工作；负责媒体宣传的策划实施工作；负责开展观众调查、参观情况研究工作；开展社会教育工作；完成馆领导交办的其他工作任务。

四、厦门市郑成功纪念馆

负责与郑成功及南明史有关的文物的展览、征集、保管、研究；负责展览的导览与讲解工作；负责开展观众调查、参观情况研究工作；开展社会教育工作；完成馆领导交办的其他工作任务。

五、厦门经济特区纪念馆

负责与厦门经济特区历史相关资料的展览、征集、保管、研究；负责展览的导览与讲解工作；负责开展观众调查、参观情况研究工作；开展社会教育工作；完成馆领导交办的其他工作任务。

六、保卫部

负责安全保卫工作制度制订并予以落实；负责本馆社会治安综合治理工作；负责人防、物防、技防、消防工作；负责保安队伍的管理工作；负责全馆各区域要害部位备用钥匙的管理工作；负责文物（展品）的安全押运工作；负责安全保卫工作资料管理；完成馆领导交办的其他工作任务。

七、保管与征集部

负责馆藏品库房的管理工作；负责馆藏文物的日常保养工作；负责馆藏文物的档案管理工作；负责馆藏文物数字化信息库建设工作；负责历史文物、资料的鉴定和征集工作；负责编撰出版相关专业书籍；完成馆领导交办的其他工作任务。

八、文物保护科技部

负责文物保护和科研计划的拟定落实；负责全市地上文物资源的调查、规划、保护、修缮等工作；负责全市地下、水下考古调查与抢救性发掘等工作；负责全市文物保护、考古资料的收集、研究；负责建设、管理“厦门市不可移动文物保护数据库”；开展出土、出水文物科技保护、修复等工作；开展考古、博物馆等课题研究、学术交流与学术出版等工作；承担陈化成祠、陈化成墓和陈胜元故居开放点的日常管理和维护；完成馆领导交办的其他工作任务。

九、信息和数字化部

负责数字化博物馆规划与建设；负责全市可移动文物数据库的建设、管理、维护；负责文博信息系统的建设、管理、维护工作；负责国内外文博相关信息的收集整理工作；负责计算机、内部局域网及数字化配套设施、设备的安装、调试和日常维护工作；负责开展观众参观情况数据统计分析工作；完成馆领导交办的其他工作任务。

十、文化创意部

负责拟定、实施文创产品的研发计划并落实；负责文创人员、场地、物资等的管理工作；负责文创经费的编制、收支管理工作；负责文创活动的市场运营；完成馆领导交办的其他工作任务。